Процедура досрочного погашения кредита была установлена Федеральным законом Российской Федерации от 19 октября 2011 г. N 284-ФЗ "О внесении изменений в статьи 809 и 810 части второй Гражданского кодекса Российской Федерации ", в которой о пересчёте процентов при досрочном погашении говорится следующее:
«В случае возврата досрочно суммы займа, предоставленного под проценты, займодавец имеет право на получение с заёмщика процентов по договору займа, начисленных включительно до дня возврата суммы займа полностью или её части» (п. 4 статьи 809 ГК РФ);

Такая формулировка подразумевает, что клиент обязан оплатить банку проценты с фактической задолженности по кредиту. И банк с вас должен был взять только те проценты, которые начислял ежедневно на остаток основного долга, т.к. банк не может получить процентов больше, чем будет начислено в автоматическом режиме.

Согласно требованиям бухгалтерского учёта, проценты по кредиту начисляются банками ежедневно в автоматическом режиме – т.е. начисляются на сумму ежедневной задолженности по ставке, указанной в кредитном договоре. Вы же оплачиваете банку расчётный (усреднённый) платёж по составленному банком графику ежемесячного погашения части кредита, и расчёта процентов по кредиту.

Составляемый банком график ежемесячных аннуитетных платежей - это как-бы «виртуальный» расчёт, который основывается на том, что клиент в течение всего срока кредита не будете использовать досрочное погашение кредита, и не будете допускать просрочек платежей, и к фактическому начислению процентов по кредиту банком он подойдёт в конце погашения всего кредита. 
Если кредит погашен досрочно в размере всего остатка задолженности, то стоит произвести пересчёт размера взысканных процентов с помощью формулы аннуитетных платежей, подставив в неё фактические данные.

Для этого подойдёт формула расчёта размера ежемесячного аннуитетного платежа:

Аннуитетный платёж = ОСЗ х ПС / [ 1 - (1 + ПС)-ПП ] 
Применяемые в формуле обозначения:
ОСЗ- величина кредита;
ПС – месячная процентная ставка, равная 1/12 от годовой процентной ставки, установленной на сумму обязательств по кредиту и оговорённой в кредитном договоре;
ПП – количество Процентных периодов (месяцев) до окончательного погашения ссудной задолженности.

А чтобы не сильно заморачивать себе голову расчётами, можно просто воспользоваться 2-мя любыми калькуляторами расчёта аннуитетных платежей (для подстраховки), которые есть на некоторых независимых сайтах в интернете, и убедиться в правильности общей суммы взысканных процентов.